На данный момент в Эгее стоит довольно старенькая версия скрипта подсветки кода Ивана Сагалаева, поэтому я решил обновить её на последнюю версию и изменить стиль на более подходящий моему шаблону.

Вам нужно это сделать если:

1. Вам нужна подсветка не только веб-языков.
2. Вам нужно другое оформление подсветки для вашего шаблона Эгеи.
3. Вы маньяк последних версий.

Последовательность действий для смены скрипта Highlight.js в Эгее

1. Забираем с сайта автора скрипта его последнюю версию и выбираем тему оформления.
   Скачиваем скрипт предварительно выбрав нужные вам языки в разделе «Custom package» и параллельно выбираем тему.
2. Подготавливаем скрипт к Эгее.
   Распаковываем скачанный скрипт.
   Переименовываем highlight.pack.js в highlight.js и добавляем в конец скрипта строку hljs.initHighlightingOnLoad(); (Спасибо Илье за комментарий в license.txt!)
   Находим в папке styles выбранную вами тему и переименовываем в highlight.css
3. Заменяем старый скрипт на новый.
   Переходим в Эгее по пути system → library → highlight и меняем имеющиеся там файлы на свои.