Плюсы Эгеи очевидны и хорошо представлены на её сайте. Но существуют моменты, которые мне приходится подправлять под себя при каждом обновлении движка.

Минусы:

• Зависимость от предпочтений автора движка
  Разработка и поддержка ведётся одним автором, поэтому как он решил, так и будет. Решил, что избранные статьи в сайдбаре показываться не должны, они и не показываются.
• Закодированное ядро движка
  Может это и не минус, но я отношусь к тем, кто любит покопаться под капотом. Иногда это нужно для внесения улучшений, но в Эгее капот приварен.
• Нестандартный форматор текста
  Мне нравится форматер Эгеи, но он не совсем маркдаун. При написании публикаций в редакторах с этой разметкой приходится менять её на поддерживаемую Эгеей.
• Отсутствие кнопки Google+ по умолчанию
  Не понимаю почему и эту кнопку не включить? Функциональность такая есть, но кнопки нет. Я понимаю, что автор движка может не пользоваться такой кнопкой, но другие же пользуются.
• Не открывание ссылок в новом окне
  Субъективно, но вот не люблю когда ссылки открываются в том же окне. А если мне нужно ряд ссылок посмотреть? Туда-сюда прыгать?

Глюки

Буду вылавливать по мере нахождения и предлагать решения.

• При наличии в тексте публикации тега <noscript> дальше него текст и кнопки редактирования не показывает.
  Если вдруг возникла необходимость написать, то замените символы «<» и «>» их кодами. Чтобы отредактировать такую публикацию добавьте к её ссылке «/edit/».

Эгея прекрасный движок. Иначе я давно бы от него отказался. Эта публикация написана с целью сделать его ещё лучше. Как? Давайте вместе подумаем.